Zakopane kwatery leży w strefie klimatu górskiego, charakteryzującego się niską średnią temperaturą roczną. Najchłodniejszym miesiącem jest styczeń, najcieplejszym lipiec.

Poszczególne części miasta różnią się zdecydowanie pod względem klimatycznym, co zależy od wyniesienia nad poziom morza i lokalnego układu orograficznego. W związku z faktem, że Zakopane leży w wąskiej kotlinie między Tatrami a Gubałówką, zjawiskiem często spotykanym od późnej jesieni do wczesnej wiosny jest inwersja temperatury – najniższe punkty miejskiej części Zakopanego mają średnią roczną temperaturę o 1 stopień niższą niż najwyższe: zimne powietrze, jako cięższe, opada w dół i utrzymuje się w najniższych punktach kotliny. Różnica temperatur między Zakopanem, a szczytem Kasprowego Wierchu w zimowe dni może wynosić nawet kilkanaście stopni.