Mikołajki początkowo były wsią kościelną zamieszkaną przez ludność polskiego pochodzenia, głównie emigrantów z Mazowsza. W połowie XVI wieku rozpoczął się napływ osadników niemieckich. W 1726 roku król pruski Fryderyk Wilhelm I przyznał Mikołajkom prawa miejskie. Miasto wróciło do Polski po zakończeniu II wojny światowej.
Jednym z najsłynniejszych zabytków miasta jest kościół św. Trójcy wykonany według projektu znanego na całym świecie architekta, Karola Fryderyka Schinkla. Budowla została wzniesiona w stylu klasycystycznym, a w środku wierni i turyście mogą podziwiać drewniane empory, organy wykonanego przez samego Scherweita z Ełku czy sklepienie kolebkowe z kasetonami. Ściany zdobią obrazy i tablice pamiątkowe.
Mikołajki to także raj dla żeglarzy. Położone jest nad jeziorem Mikołajskim i posiada rozwiniętą infrastrukturę żeglarską. Składa się na nią przystań Żeglugi Mazurskiej i Wioska Żeglarska, w której żeglarzy mogą uzupełnić zapasy wody, wyrzucić śmieci czy odświeżyć się po wysiłku. W mieście funkcjonuje wiele wypożyczalni sprzętu wodnego, rowerów i sprzętu do biwakowania. Znalezienie serwisu motorówek również nie sprawia trudności.