Dzisiejsza Zawoja podzielona jest na trzy parafie: w Zawoi Dolnej (Centrum), w Zawoi Górnej (Wilczna) i w Zawoi Zakamieniu. Zanim w roku 1819 powstała pierwsza parafia w Zawoi Centrum wieś należała najpierw do parafii w Mucharzu, a od 1646 roku do parafii w Makowie Podhalańskim. Pozostałe dwie parafie powstały niedawno: w roku 1981 w Zawoi Zakamieniu, w roku 1988 w Zawoi Górnej. Zawoja to dziś liczne miejsca noclegowe w tej pięknej miejscowości.

Najcenniejszym zabytkiem Zawoi jest kościół par. pw. Św. Klemensa pap., wzniesiony w latach 1757-1759, gruntownie przebudowany w roku 1888. Nieopodal kościoła znajduje się drewniany, piętrowy Dworzec Babiogórski, obiekt w którym na początku XX wieku działała stacja turystyczna Towarzystwa Tatrzańskiego. Na pobliskim cmentarzu spoczywa znany poeta Tatr – Franciszek Henryk Siła–Nowicki (1864-1935). Stoi tutaj kaplica pw. Św. Anny z k. XVIII wieku oraz szereg XIX–wiecznych zabytkowych nagrobków. W Zawoi Policznem znajduje się piękna murowana kaplica pw. Św. Jana Chrzciciela, nakryta gontowym dachem z cebulastą banią, tzw. zbójnicka. Prawdopodobnie pochodzi z XVIII wieku. W Zawoi Mosornem istnieje z kolei drewniana kaplica pw. Matki Bożej Anielskiej, wybudowana przez tutejszego gospodarza w latach 1905-1908.